Санаторий-профилакторий находится в ведении профкома и администрации предприятия и осуществляет свою деятельность под их руководством.

В тех случаях, когда санаторий-профилакторий является межзаводским (межхозяйственным, межотраслевым), он подчиняется профкому и администрации одного из предприятий, участвовавших в создании санатория-профилактория, и функционирует согласно договору между предприятиями.

Межколхозный санаторий-профилакторий находится в ведении районных (областных, краевых или республиканских) комитетов профсоюза работников агропромышленного комплекса, профсоюза работников рыбного хозяйства либо соответствующих межколхозных организаций.

В Типовом положении четко определены источники финансирования санатория-профилактория. На предприятие возложено финансирование расходов, связанных со строительством, ремонтом и эксплуатацией санатория-профилактория. Если он построен в порядке кооперирования средств рядом предприятий, то оборудование и хозяйственное содержание его осуществляются по принципу долевого участия этих предприятий. Что касается хозяйственного содержания санатория-профилактория, построенного колхозом совместно с предприятиями агропромышленного комплекса, то оно производится при соответствующем долевом участии этих предприятий.

В отношении расходов на питание, лечение, культурно-бытовое обслуживание лиц, проходящих курс лечения в санатории-профилактории, заработную плату административно-хозяйственного и медицинского персонала установлено, что расходы эти производятся за счет средств государственного социального страхования. Эти расходы покрываются в основном за счет страховых взносов предприятий, а при их недостаточности — путем выделения необходимых сумм соответствующим республиканским, краевым, областным (городским) комитетом или советом профсоюзов. Содержание межколхозного санатория-профилактория финансируется главным образом за счет поступлений от реализации путевок. При этом в стоимость путевки, определяемую в установленном порядке, включаются все хозяйственные расходы на его содержание.
Смета доходов и расходов санатория-профилактория и его штатное расписание утверждаются профкомом. Общая сумма ассигнований на содержание санатория-профилактория включается в смету по социальному страхованию профкома.

Санаторий-профилакторий, не располагающий необходимой лечебной базой, не обеспечивающий эффективного лечения и снижения заболеваемости трудящихся данного предприятия, может быть снят вышестоящим профсоюзным органом с финансирования за счет средств государственного социального страхования.